清乾隆年間，隨着經濟貿易的發展和移民的墾拓開發，媽祖信仰逐漸向周邊地區的交通要道、軍事要地等處滲透拓展，成爲第二個發展高峰期。清嘉慶年間，清政府在葛瑪蘭廳實施有效管理後，葛瑪蘭廳前所未有地修建了媽祖廟，媽祖信仰突破原有信奉區域，開始在臺灣東北域發展傳播。清道光年間，媽祖信仰已經開始向開發較晚、經濟落後的偏遠地區滲透傳播。清咸豐、同治年間，媽祖信仰在新興的經濟貿易發展地傳播發展，同時也在閩粵籍民衆聚集的地方深度發展，承擔起調和族群矛盾衝突的整合功能。清光緒年間，媽祖信仰開始向臺灣極南極東位置傳播，出於“平亂”和“開山撫番”的需要，修建臺南恆春猴洞山南麓天后宮和臺東直隸州卑南馬蘭街天后宮。有清一代，媽祖信仰在臺灣幾乎實現了全域的覆蓋。

媽祖信仰作爲盛行於民間社會的思想文化，以潤物細無聲的隱形方式發揮着社會教化的功用。媽祖經書在媽祖廟的空間場域內對信衆發揮着勸善戒惡、規範行爲的直接功用。清代臺灣流行的李仕學《昭應錄》、林清標《敕封天后志》、賴玄海《湄洲慈濟經》等經書，是在借鑑參考其他宗教經書的基礎上編撰而成的。這些經書大多結合當時臺灣社會實際情況，內容義理通俗易懂，且音律朗朗上口，適合面向普通大衆宣達曉義，因而在民間社會發揮了獨特的教化功能。媽祖經書等文本體系是臺灣民間社會在政府官方教育體系之外，發展出的一套以媽祖等神明善書、勸善經文爲內容的教化輔助系統，展現了臺灣民間社會時人的智慧，對於穩定柔化人心、維護社會秩序發揮了一定作用。

媽祖廟作爲神明祭祀的神聖空間場域，也成爲地方俗世事務的處理場所，由此成爲皇權在地方社會的延伸。古代中國寺廟的背後靠的是國家力量的支持，是國家機器運轉的一部分。清代臺灣媽祖寺廟中所豎立的示禁、示諭碑刻揭示了地方社會俗世生活中的矛盾和衝突。通過在神聖的寺廟空間場域對俗世事務加以約束示禁，體現了寺廟作爲皇權細胞在地方社會的延伸，展示了媽祖等寺廟連接官方政府和地方社會的紐帶作用。清代臺灣媽祖廟中所豎立的示禁碑刻涉及移民社會時期的臺灣所存在的羅漢腳、奸盜、爭水、借屍嚇詐、族群糾紛等具體問題，在清代臺灣士紳化和宗族化整體水平不高的情況下，媽祖廟以獨特的組織形式引入官方政府權力，參與到地方社會事務的治理過程。

媽祖信仰在臺灣民間社會的實踐表達方式是其能夠與臺灣社會融合共生發展的重要原因。媽祖信仰作爲中國傳統文化發展和本土宗教的南方源流，不僅呈現了中國歷史的南方脈絡，同時也展現了臺灣本土社會發展的動力機制。清代臺灣移民將媽祖信仰融於其家族社會的祭祀行爲、商人的經商活動，以及普通民衆的土地開墾種植過程中，從而爲媽祖信仰在臺灣民間的傳播提供了厚植的土壤。移民初期，臺灣同鄉莊民衆出於安全保障的考慮結合在一起，進而促成宗族的發展，由此衍生出祭祀公業、結盟、父母會、神明會等組織。乾隆五十年（1785年），彰化縣與理番衙門的官方文書，以及清代中期岸里社“番民”與漢民的土地等經濟交易契約文書，都展示了“番社”與漢民聯合組成媽祖會、文昌會等神明會，進行土地出租及放貸取利的行爲。

由此可見，媽祖信仰貫穿民間社會的土地交易及商業活動，完成了民間信仰與地方社會融合共生的發展模式。